A l’origine, Genrupt n’était qu’un hameau en lisière de forêt.
Le village pris son essor au XIIe siècle avec sa donation aux Templiers par le seigneur de Bourbonne.
Après la dissolution de cet ordre, il passa aux mains des chevaliers de Malte.
Depuis le 27 décembre 1972, le village fait partie de la commune de Bourbonne-les-Bains.