Fièrement édifiée sur un tertre et d’une belle homogénéité, l’église a été construite grâce aux libéralités des Choiseul au début du XVIe s. Contrairement à de proches villages, elle n’a pas souffert des désastres et des pillages. Fresnoy n’est qu’une étape avant le haut-lieu que fut Morimond, 4e fille de Cîteaux.
L'église Notre-Dame-de-la-Nativité est un édifice homogène construit dans la première moitié du 16e dans le style gothique flamboyant. La sacristie fut érigée au 18e siècle. C’est un édifice en forme de croix latine, en grès. La nef à vaisseau unique de deux travées est précédée par un porche en charpente. La nef est suivie par un transept double dont la travée ouest du bras sud supporte la tour du clocher couronnée d'une flèche carrée en tuile plate. Le choeur se compose d'une travée droite suivie d'une abside à trois pans, l'ensemble étant couvert d'une voûte d'ogives à liernes et tiercerons à clé pendante. Le pan nord-est du choeur accueille une armoire eucharistique. La sacristie au toit en appentis est adossée au mur nord du choeur.