Les ursulines se sont installées auprès de la chapelle Saint-Michel, attestée dès le XIVe siècle, qui accompagnait un cimetière hors les murs, face à la porte principale d’accès à la cité.
Pillé par les huguenots, le sanctuaire a été remodelé et agrandi par les ursulines dès leur arrivée en conservant le chevet plat et en ajoutant une voûte de bois.
Le décor en trompe l’œil a été retouché à la Révolution puisque l’édifice est devenu le siège du club des Jacobins, mais le portail d’entrée conserve les armes de François de Sourdis.
La configuration intérieure actuelle date de 1861, époque de la reconquête catholique portée en Bordelais par le Cardinal Donnet.